El zoológico Los Coyotes empieza a formarse a partir del 02 de febrero de 1999 en el parque que antes fue la Escuela Ecológica Comunitaria Los Coyotes. Este zoológico se formó para darle complementariedad al esquema de los zoológicos de la Ciudad de México: El de Chapultepec, que exhibe fauna representativa de todo el mundo; el de San Juan de Aragón con énfasis en fauna nacional y Los Coyotes, como zoológico regional que exhibe fauna endémica y nativa del Valle de México. Anteriormente era un parque denominado Escuela Ecológico Comunitaria Los Coyotes, la que nunca funcionó como tal. Posteriormente fungió como un Centro de resguardo de fauna silvestre decomisada por la autoridad federal.
A partir del 2 de febrero de 1999 se iniciaron los trabajos para revertir esa situación y transformae el sitio en el tercer zoológico de la Ciudad de México. Hoy en día, es un espacio limpio, con áreas verdes atendidas, con un mantenimiento adecuado de su infraestructura y sobre todo, seguro.
A partir del 2 de febrero de 1999 se iniciaron los trabajos para revertir esa situación y transformae el sitio en el tercer zoológico de la Ciudad de México. Hoy en día, es un espacio limpio, con áreas verdes atendidas, con un mantenimiento adecuado de su infraestructura y sobre todo, seguro.